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Im Menü Aktionen werden die Befehle Nach rechts kopieren, Nach links kopieren und Zur anderen Seite kopieren die ausgewählten Dateien und Ordner von einer Seite der Ansicht zur anderen Seite kopieren, wobei bereits existierende Dateien auf der Zielseite überschrieben werden. Ist ein Ordner ausgewählt, so wird nur sein gefilterter Inhalt kopiert (so als ob der Ordner geöffnet wurde und jeglicher sichtbarer Inhalt markiert wurde). Ist jedoch ein Ordner ausgewählt und außerdem irgendwelche seiner Kindordner, so wird die Ordnerauswahl ignoriert, und es werden lediglich die ausgewählten Kindordner kopiert. Standardmäßig erscheint ein Bestätigungsdialog vor dem eigentlichen Kopiervorgang. Um die Bestätigung zu überspringen, wenn die Richtung des Kopierens eindeutig ist (Nach links kopieren, Nach rechts kopieren), wählen Sie Beyond Compare > Einstellungen , wechseln Sie auf die Seite Dateioperationen und deaktivieren Sie das Kontrollkästchen Kopieren von Dateien bestätigen.