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Dans le menu Actions, les commandes Copier vers la droite, Copier vers la gauche et Copier vers un côté copient les fichiers et les dossiers sélectionnés d'un côté de la vue vers l'autre, écrasant tout fichier existant dans le côté cible. Si un dossier est sélectionné, seul son contenu filtré sera copié (identiquement comme si le dossier était développé et tout son contenu visible sélectionné). Toutefois, si un dossier ouvert est sélectionné et que n'importe lequel de ses enfants est également sélectionné, alors la sélection du dossier est ignorée et seuls les enfants sélectionnés seront copiés. Par défaut, un dialogue de confirmation apparaît avant la copie. Pour sauter la confirmation lorsque la direction de la copie est ambiguë (Copier vers la gauche, Copier vers la droite), sélectionnez Beyond Compare > Paramètres , basculez vers la page Opérations sur fichier, et décochez Confirmer la copie de fichier.