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Dans le menu Actions, la commande Fusionner réalise la fusion des fichiers et des dossiers sélectionnés. Si un dossier est sélectionné, seul son contenu filtré sera fusionné (identiquement comme si le dossier était développé et tout son contenu visible sélectionné). Toutefois, si un dossier ouvert est sélectionné et que n'importe lequel de ses enfants est également sélectionné, alors la sélection du dossier est ignorée et seuls les enfants sélectionnés seront fusionnés. Par défaut, un dialogue de confirmation apparaît avant la fusion. Pour sauter la confirmation, sélectionnez Beyond Compare > Paramètres , basculez vers la page Opérations sur fichier, et décochez Confirmer la fusion de fichier.