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Im Menü Aktionen kopiert der Befehl In Ausgabe kopieren die ausgewählten Dateien und Ordner zur Ausgabeseite. Ist ein Ordner ausgewählt, so wird nur sein gefilterter Inhalt kopiert (so als ob der Ordner geöffnet wurde und jeglicher sichtbarer Inhalt markiert wurde). Ist jedoch ein Ordner ausgewählt und außerdem irgendwelche seiner Kindordner, so wird die Ordnerauswahl ignoriert, und es werden lediglich die ausgewählten Kindordner kopiert. Standardmäßig erscheint ein Bestätigungsdialog vor dem eigentlichen Kopiervorgang. Um die Bestätigung zu überspringen, wählen Sie Beyond Compare > Einstellungen , wechseln Sie auf die Seite Dateioperationen und deaktivieren Sie das Kontrollkästchen Kopieren von Dateien bestätigen.