Comparación por nombre de archivo

Saludos!, acabo de descubrir este software y he estado moviendole pero hasta el momento no logro que realize lo que realmente deseo.
Deseo comparar 2 directorios, pero unicamente por criterio de los nombres de archivo, sin embargo quiero que no tome encuente ciertos caracteres del nombre del archivo, ejemplo:

[Dir1]
.
..
Docu, tipo, (ES) [0001].DAT
Info, geren, (ES) [0012].DAT
Otros, impor, (ES) [0123].DAT
...
[Dir2]
.
..
Docu, tipo, (US) [0010].DAT
Info, geren, (US) [0120].DAT
Otros, impor, (US) [1230].DAT
...

De la forma anterior, cuento con 2 directorios cada directorio tiene 5,000 archivos, pero son versiones distintas, sin embargo, se desea borrar los archivos con nombre iguales pero que claramente tienen version distinta.

Quisiera que me filtrara en pantalla Todos los nombres de archivos iguales, haciendo excepcion de algunos caracteres de los nombres de archivos apra que se pueda cumplir el criterio, es decir:
que compare los 2 directorios y me quite las ',' '(' 'E' 'S' 'U' ')' '[' ']' '0-9' ' '
de forma que ahora si podria encontrar los archivos repetidos:

Docu tipo.DAT
Info geren.DAT
Otros impor.DAT
Docu tipo.DAT
Info geren.DAT
Otros impor.DAT

De tal forma que el programa me muestre los archivos que encontro repetidos en las 2 carpetas y asi estos los pueda eliminar con plena seguridad.

Se puede?
si me doy a explicar?

[jruiz]

Hola! Bienvenido a los foros de Beyond Compare.

He estado pensando sobre tu problema, pero no consigo entender del todo el problema de los nombres repedidos y las versiones. Supongo que las versiones te refieres a los números entre corchetes: [0001], [0012], etc.

Si es así, me temo que no hay solución fácil, o al menos no se me ocurre ninguna. Me pondré en contacto con el servicio técnico de Scooter Software a ver si es posible obviar el número de versión de los ficheros. De todas formas, creo que podrías usar algún sistema de control de versiones (CVS). Tienes un artículo en la Wikipedia sobre qué es CVS. Beyond Compare soporta el uso de estos sistemas de control de versiones.

En español:
http://es.wikipedia.org/wiki/CVS